Pour valider le module "Méthodes à noyau en bio-informatique" vous devez lire et présenter oralement le 6/4/2006 un ou des articles de recherche portant sur les méthodes à noyau. Vous pouvez par exemple choisir un article dans cette liste (essentiellement des applications dans le domaine de la bio- et chemo-informatique), ou proposer d'autres articles. Dans tous les cas, vous devez validez ce choix en me le faisant savoir avant le 21/3/2006.
Chaque exposé durera 10 minutes (strict), suivi de questions. Vous pouvez utilisez des présentations informatiques (vidéoprojecteur disponible). A la fin de votre exposé les autres élèves doivent avoir compris la problématique traitée dans l'article, les méthodes mises en oeuvre et les résultats. Lors de la discussion vous devez etre en mesure de répondre à des questions précises, notamment sur les points techniques non abordés pendant l'exposé. La notation finale (comptant pour moitié dans la validation du module) prendra en compte la qualité de la présentation et les réponses au questions (modulé par la difficulté de l'article).
| Nom | Article | Lien |
| Marie-Charlotte DRUESNE | C.H. Yeang, S. Ramaswamy, P. Tamayo, S. Mukherjee, R.M. Rifkin, M. Angelo, M. Reich, E. Lander, J. Mesirov, and T. Golub. Molecular classification of multiple tumor types. Bioinformatics, 17(Suppl. 1):S316-S322, 2001. | |
| Bodik DUPUIS | K. Tsuda, T. Kin, and K. Asai, Marginalized Kernels for Biological Sequences. Bioinformatics, 18:S268-S275, 2002. | |
| Laurent DUVERNET | J.-P. Vert, H. Saigo, and T. Akutsu. Local alignment kernels for biological sequences. In B. Schoelkopf, K. Tsuda, and J.P. Vert, editors, Kernel Methods in Computational Biology, pages 131-154. MIT Press, 2004 | |
| Sarah FILIPPI | F. Rapaport, A. Zinovyev, M. Dutreix, E. Barillot and J.-P. Vert, Spectral analysis of gene expression profiles using gene networks, Technical Report HAL:ccsd-00021785, March 2006. | |
| Karim LOUNICI | M. Cuturi and J.-P. Vert, The context-tree kernel for strings, Neural Networks, 18(4):1111-1123, 2005. | |
| Nicolas MAHLER | H. Lodhi, C. Saunders, J. Shawe-Taylor, N. Cristianini and C. Watkins, Text Classification using string kernels, Journal of Machine Learning Research, 2(Feb):419-444, 2002. | |
| Thanh Mai PHAM NGOC | I. Guyon, J. Weston, S. Barnhill, and V. Vapnik. Gene Selection for Cancer Classification using Support Vector Machines. Mach. Learn., 46(1/3):389-422, Jan 2002. | |
| Tabea REBAFKA | P. Pavlidis, J. Weston, J. Cai, and W.S. Noble. Learning Gene Functional Classifications from Multiple Data Types. J. Comput. Biol., 9(2):401-411, 2002. | |
| Emeline SCHMISSER | S. Mukherjee, P. Tamayo, J. P. Mesirov, D. Slonim, A. Verri, and T. Poggio. Support vector machine classification of microarray data. Technical Report 182, C.B.L.C., 1998. A.I. Memo 1677. T. S. Furey, N. Cristianini, N. Duffy, D. W. Bednarski, M. Schummer, and D. Haussler. Support vector machine classification and validation of cancer tissue samples using microarray expression data. Bioinformatics, 16(10):906-914, Oct 2000. | pdf1 pdf2 |
| Jonathan TOUBOUL | J. Lu, K.N. Plataniotis, A.N. Venetsanopoulos, Face Recognition Using Kernel Direct Discriminant Analysis Algorithms, IEEE Trans. on Neural Networks, 14(1):117-126, 2003. | |